К середине 90-х годов предприятие стало частью Башкирского республиканского объединения «Росмясомолторг», которое включало хладокомбинаты в Уфе, Чишмах и Салавате. На базе этого объединения в декабре 1994 года власти создали торгово-промышленную фирму «Башкирский хладокомбинат», которая вскоре столкнулась с кризисом из-за «негосударственного подхода и недобросовестного исполнения служебных обязанностей» ее директора А.Е. Морозова, который был освобожден от должности в 1995 году.
До 2006 года «Башкирский холод» оставался государственным унитарным предприятием, после чего стал акционерным обществом. Несмотря на положительные финансовые результаты, власти Башкирии приняли решение привлечь инвестора: в результате приватизации 48,8% уставного капитала остались в собственности республики, 39,4% перешли к фирме «Суперконцентрат» Юлии Павленко, Ольги, Клавдии и Андрея Беспоясовых, а еще 5,85% получили член совета директоров «Башкирского холода» Сергей Павленко.
К 2011 году «Суперконцентрат» перешел под контроль группы «Нерал» (концерн «Интел Ко») бизнесмена Эрнста Исаева и его деловых партнеров. Сам Исаев ранее был депутатом республиканского Курултая и Госдумы, занимал посты министра сельского хозяйства и вице-премьера Башкирии. «Нерал», контролирует ряд сельскохозяйственных и строительных активов, в том числе, «Уфимскую гипсовую компанию» и «Туймазинскую зерновую компанию». В 2011- 2016 гг. власти Башкирии неоднократно пытались продать принадлежащие республике акции «Башкирского холода», но в связи с отсутствием претендентов на покупку, передали их созданному правительством стратегическому инвестору – АО «Региональный фонд».
Финансовые показатели производителя мороженого не отличаются стабильностью: если в 2022 году при выручке в 20,42 млн его чистая прибыль составила 9,15 млн, то в 2023-м выручка оценивалась в 20,22 млн, а прибыль – всего в 92 тыс. рублей. Ранее представитель предприятия заявлял, что «открытые сведения не отражают реальной ситуации», подчеркивая, что в 2021 году при выручке в 17 млн сотрудникам выплатили зарплату в общем размере 270 млн рублей. Для сравнения: в 2023-м Группа «Нерал» при выручке в 116,6 млн получила чистую прибыль почти в 339 млн рублей (годом ранее ее убытки оценивались в 32,7 млн при выручке в 82,9 млн рублей).
